Chủ tịch Hội đồng là Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ, thừa ủy quyền của Thủ tướng Chính phủ.

Các thành viên Hội đồng gồm đại diện các Bộ: Khoa học và Công nghệ, Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Nội vụ, Tư pháp, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công Thương, Giao thông vận tải, Xây dựng, Tài nguyên và Môi trường, Lao động - Thương binh và Xã hội, Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Y tế, Giáo dục và Đào tạo.

Ngoài ra còn có đại diện các cơ quan, tổ chức: Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, Đại học Quốc gia Hà Nội, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Liên hiệp các Hội khoa học và kỹ thuật Việt Nam.

Các ủy viên phản biện là các chuyên gia theo quy định tại Điều 35 Nghị định số 37/2019/NĐ-CP ngày 7/5/2019 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quy hoạch, do Chủ tịch Hội đồng quyết định trên cơ sở đề xuất của Cơ quan thường trực của Hội đồng.

Bộ Khoa học và Công nghệ là cơ quan thường trực của Hội đồng. Cơ quan thường trực Hội đồng thực hiện theo quy định tại Điều 34 Nghị định số 37/2019/NĐ-CP ngày 7/5/2019 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quy hoạch.

Hội đồng có nhiệm vụ tổ chức thẩm định Quy hoạch mạng lưới tổ chức khoa học và công nghệ công lập thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050.

Hội đồng hoạt động theo quy định tại Nghị định số 37/2019/NĐ-CP ngày 7/5/2019 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quy hoạch.