Một trong những nội dung nổi bật của EVFTA là 39 chỉ dẫn địa lý của Việt Nam được bảo hộ ở châu Âu với tiêu chuẩn cao và không phải qua thủ tục đăng ký SHTT ở nước sở tại. Để đẩy mạnh hoạt động thương mại cho nông sản Việt Nam, nhiều năm qua, Cục SHTT đã phối hợp một số cơ quan, nhất là các đơn vị thuộc Bộ Công Thương, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn triển khai các chương trình, dự án hỗ trợ xây dựng và phát triển chỉ dẫn địa lý cho các địa phương. Trong khuôn khổ Chương trình phát triển tài sản trí tuệ giai đoạn 2016 - 2020, năm vừa qua, chương trình đã hỗ trợ bảo hộ chỉ dẫn địa lý, kiểm soát nguồn gốc, quản lý chất lượng và khai thác, phát triển quyền SHTT sau khi được bảo hộ cho 20 sản phẩm chủ lực, đặc thù của các địa phương.

Ngay sau khi EVFTA có hiệu lực, nhiều mặt hàng nông, lâm, thủy sản của Việt Nam đã được xuất khẩu sang thị trường EU với mức thuế ưu đãi. Rau, quả tươi Việt Nam cũng được đánh giá đã và đang rộng cửa vào EU. Hiện EU là thị trường xuất khẩu rau, quả thứ tư của Việt Nam. Nền tảng sẵn có này cộng thêm việc miễn giảm thuế nhập khẩu theo cam kết trong EVFTA đang và sẽ tiếp sức để giúp doanh nghiệp Việt tăng khả năng cạnh tranh của trái cây Việt Nam so với các đối thủ. Có thể nói, trong bối cảnh cạnh tranh gay gắt trên thị trường xuất khẩu nông sản cộng với dịch Covid-19 ảnh hưởng nặng nề đến giao thương giữa các quốc gia trên thế giới, sự mở cửa của thị trường EU đã mang đến cơ hội vàng cho các ngành hàng nông nghiệp nước ta khẳng định chất lượng và nâng cao giá trị gia tăng.

Các chuyên gia kinh tế đều cho rằng, quan hệ thương mại giữa EU và Việt Nam có tính bổ trợ lẫn nhau chứ không cạnh tranh trực tiếp, nhất là với các sản phẩm nông nghiệp nhiệt đới và nông sản chế biến mà thị trường EU có nhu cầu cao.