Chương trình hành động đã nhấn mạnh đến ý nghĩa của việc triển khai có hiệu quả các chương trình và nhiệm vụ KH&CN trọng điểm trong quá trình thực hiện 6 nhóm nhiệm vụ, giải pháp chính trong từng giai đoạn như rà soát, hoàn thiện và bổ sung hệ thống cơ chế, chính sách; cập nhật và hệ thống hóa số liệu, dữ liệu liên ngành, tăng cường điều tra cơ bản; xây dựng quy hoạch và tổ chức không gian lãnh thổ; xây dựng cơ cấu kinh tế hợp lý thích ứng biến đổi khí hậu; phát triển và huy động nguồn lực… Các chương trình KH&CN sẽ tập trung vào những vấn đề quan trọng: bảo vệ môi trường, phòng chống thiên tai, giảm nhẹ các tổn thương, các tác động tiêu cực do biến đổi khí hậu gây ra; nghiên cứu chọn tạo phát triển các giống cây trồng, vật nuôi và giống thủy sản có tiềm năng, lợi thế của vùng; nghiên cứu tạo nguồn vật liệu mới thay thế, phục vụ san lấp, xây dựng để hạn chế việc lấy cát từ lòng sông… Về tổng thể, cần nghiên cứu để có thể xây dựng và triển khai Chương trình KH&CN ứng phó với biến đổi khí hậu phục vụ phát triển bền vững ĐBSCL.

Để thực hiện tốt các chương trình và nhiệm vụ KH&CN này, cần đào tạo và phát triển nguồn nhân lực, ưu tiên bố trí các nguồn lực KH&CN có trọng tâm trọng điểm, tăng cường hợp tác quốc tế song phương, đa phương và với các quốc gia thượng nguồn sông Mekong, thiết lập các khuôn khổ hợp tác mới, qua đó thúc đẩy ứng dụng và chuyển giao công nghệ.

Chương trình hành động tổng thể được phân kỳ thực hiện theo các giai đoạn: đến năm 2020, 2021-2030, định hướng giai đoạn 2031-2050 và đến 2100. 

Trong chương trình này, Bộ KH&CN được giao đảm trách một số nhiệm vụ lớn, đó là rà soát hoàn thiện cơ chế chính sách hỗ trợ ứng dụng và chuyển giao công nghệ, đặc biệt là công nghệ cao trong sản xuất nông nghiệp; triển khai có hiệu quả các chương trình, nhiệm vụ khoa học trọng điểm, ưu tiên bố trí nguồn lực khoa học để đảm bảo phát triển bền vững ĐBSCL; đẩy mạnh nghiên cứu về môi trường phòng chống thiên tai; tăng cường hợp tác quốc tế. Đồng thời Bộ KH&CN phối hợp với Bộ TN&MT xây dựng và triển khai Chương trình KH&CN ứng phó với biến đổi khí hậu để phát triển bền vững ĐBSCL.